По отношение на категорията „Безопасност на възрастни пътници”, от Euro NCAP са изтъкнали, че CT 200h постига максимални точки при страничен удар. Euro NCAP също са отбелязали добрата защита, която осигуряват въздушните възглавници за коленете на водача и пътника до него, както и високата степен на зашита против камшичен удар. Новият компактен луксозен модел постигна отличен резултат при удар отзад тъй като седалките на CT 200h са оборудвани с второ поколение система на Lexus за намаляване на травмите от камшичен удар (WIL).
Обновеният дизайн на подглавниците, неотменна част от WIL системата, им позволява да са разположени възможно най-близо до главата на водача и пътника по време на нормално шофиране. В случай на удар отзад, тялото на пътника потъва в седалката, като по този начин намалява пространството между главата и подглавника и същевременно намалява риска от нараняванията вследствие на камшичен удар.
При тестовете за безопасност на деца, Lexus CT 200h получава добри оценки както при 18-месечните деца, така и при 3-годишните. В категорията „Безопасност за пешеходци”, предната броня защитава добре краката на пешеходците и получава максималните точки от Euro NCAP.
Изключително здравото купе, проектирано така, че да „поглъща” удара, сложните системи за активна и пасивна безопасност, както и елементите, осигуряващи безопаността на пешеходците правят Lexus CT 200h максимално безопасен при всички ситуации на пътя.
Новият компактен луксозен модел на Lexus е единствения автомобил в своя клас, който е оборудван стандартно с осем въздушни възглавници, като две от тях осигуряват защита за коленете на водача и пътника до него. Те са проектирани така, че да се отворят в долната част на инструменталното табло и да предпазят водача от удар в кормилната колона, а пътника от удар в таблото пред него. Те също подпомагат намаляването на нараняванията в областта на гръдния кош и главата, като ограничават изместването на таза и завъртането на торса при силен удар.
Подобрената електронна система за регенериране на енергията при спиране (ECB-R), която стандартно се вгражда в CT 200h включва: Антиблокираща спирачна система (ABS), Система за подпомагане на спирането (BA), Система за контрол на сцеплението (TRC), както и Система за контрол на стабилността (VSC).